北京基因组所（国家生物信息中心）开发新型高通量单细胞多组学新手艺
单细胞测序已成为生物医学领域的要害共性手艺 。然而 ，由于缺乏高效的手段降低“假单细胞率” ，主流微流控平台的单通道细胞通量通常在1万细胞以下 ，空载率抵达90%以上 ，且本钱高昂 ，限制了对数百万个细胞或上千例样本的人群行枚举行大规模研究 。
克日 ，4001老百汇网站（国家生物信息中心）蒋岚研究组基于组合标记手艺蹊径刷新优化主流微流控平台 ，开发了新型单细胞转录组测序手艺FIPRESCI ，使细胞通量比现有手艺提高十倍以上 ，大幅降低本钱 。该效果以“FIPRESCI: droplet microfluidics based combinatorial indexing for massive-scale 5′-end single-cell RNA sequencing”为题在Genome Biology 期刊揭晓 。
研究团队使用FPERSCI对人和小鼠细胞系混淆物测序 ，获取了8000多个高质量的细胞 ，其中99.8%的细胞都能明确泉源 ，批注FIPERSCI具有很低的假单细胞率 。随后 ，为了验证新手艺对差别组织的兼容度 ，使用FIPERSCI对小鼠整个E10.5胚胎的细胞举行细胞核测序 ，在10X Genomics 单通道中获取了凌驾10万细胞核的数据 。注释效果显示 ，细胞类型的因素与已揭晓的参考数据相似 。别的 ，FIPERSCI数据还可用于判断细胞类型和发育阶段特异的调控元件（启动子和增强子）使用偏好 ，发明了著名基因Rbfox2在抑制性神经元发育历程中使用差别的启动子的动态转变 。
进一步 ，研究者使用FIPERSCI对来自差别癌症病人及康健人外周血中的T细胞举行单细胞RNA和TCR双组学测序 。数据显示相较于康健人 ，癌症病人外周血中T细胞在细胞亚群组分、基因表达、TCR克隆等多个层面保存显著差别 �；谛⊙玖康氖萁� ，已经足以区分癌症病人和康健人 ，提醒低本钱的FIPERSCI手艺具备基于免疫细胞信息应用于癌症液体活检及早筛方面的潜力 。
综上所述 ，新型单细胞测序手艺突破现有手艺的设计局限 ，大幅提高了效率并降低了本钱 ，适用于单细胞转录组和调控元件活性、免疫受体序列等多模态剖析 ，可有力支持跨器官水平的大规模参考细胞图谱研究、跨时间和空间的器官发育研究等 ，针对大规模康健人和疾� 。ɡ绨┲� ，自身免疫 ，新冠等）的行列细胞图谱研究 ，高通量CRISPR基因编辑和药物筛选的单细胞分子表型描绘研究等 。
上述事情由4001老百汇网站（国家生物信息中心）完成 ，蒋岚研究员为通讯作者 。蒋岚研究组博士研究生李芸、黄正和偏向东研究组张昭军副研究员为文章的并列第一作者 ，博士研究生王弃非孝顺了跨模态展望的深度学习模子 ，解放军总医院王淑芳和李峰先网络处置惩罚了临床样本 。4001老百汇网站（国家生物信息中心）偏向东研究员 ，北京大学肿瘤医院季鑫教授 ，北京大学国际癌症研究院舒绍坤研究员提供了主要资助 。该项事情获得了4001老百汇网站先导专项、中科院全球共性挑战专项项目、科技部重点研发妄想、国家自然科学基金委等项目的鼎力大举资助 。
论文链接
FIPRESCI 实验流程图
