Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016年第6期内容简介
2016圣诞节之际 ，Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2016年第6期正式在线出书 ，本期共揭晓文章6篇 ，包括1篇点评 ，1篇资源综述 ，3篇研究性文章和1篇要领类文章 。详细先容如下：
1. Jerry L. Workman博士（美国斯托瓦斯医学研究所）等人对组卵白巴豆�；亩疗鹘峁褂虻南喙匮芯孔龀隽说闫� 。差别阅读器关于组卵白修饰中巴豆�；氖侗鸹普庖晃侍馕颐腔共簧跸嗍� 。克日 ，李海涛博士和David Allis博士研究团队在Nature Chemical Biology发文 ，将巴豆�；亩疗鞔愉褰峁褂蚣癥EATS结构域扩展到双PHD指状结构域 ，研究批注溴结构域、YEATS结构域和双PHD指状结构域具有差别的阅读偏好性 ，双PHD指状结构域可以通过使用疏水情形和协同氢键识别较大的�；奘� ，例如巴豆�；� 。他们以为 ，更好地相识这些组卵白修饰阅读机制有助于我们进一步剖析组卵白修饰在染色质重塑和调控基因转录历程中的作用 。
2. 随着测序手艺的一直前进 ，血液病领域的测序数据产量呈指数增添 ，由此降生了诸多血液病和红细胞相关的数据库 ，为血液学科学研究提供了诸多研究靶点 ，并且为临床诊断、治疗提供了富足的数据储备和科学依据 。我所偏向东博士等人针对红细胞和红细胞相关血液病的数据库举行系统性汇总 ，概述了它们的主要内容、基本特征和初级使用要领 ，希望能够资助血液学相关科研职员、临床医生以及想要相识该领域的其他职员进一步相识白血病、血虚症、纯红细胞再生障碍性血虚和正常红细胞发育等 ，同时希望能增添人们使用公共数据库的意识 。
3. 一型糖尿� 。═ype 1 diabetes mellitus, T1D）是一种自身免疫系统缺陷导致的疾病 。为了系统地探讨T1D患者体内T淋巴细胞的组成 ，贺建奎博士（南方科技大学）等人使用高通量免疫组库测序手艺剖析了T1D患者和非T1D比照 [比照包括二型糖尿� 。═2D）和非糖尿病] 样本中的所有T淋巴细胞受体（T cell receptor, TCR） ，发明T1D患者 TCR的多样性相比于比照组显着降低 ，且保存更多由于简单T淋巴细胞扩增形成的大克� 。╤ighly-expanded clones, HEC） ，同时在差别的T1D患者中发明了一些共享的HEC 。该要领有可能成为一个主要的工具 ，用于评估和检测T1D以及其他自身免疫系统疾病 ，如可使用多样性作为指标 ，来区分差别类型的糖尿病等 。
4. 冠心病是一类重大疾病 ，其遗传机制涉及基因间的非线性相互作用 ，全基因组单核甘酸多态性数据为周全剖析重大疾病的多基因互作及致病分子通路提供了机缘 。饶绍奇博士（广东医科大学）等人对英国威康信托基金会病例控制协会提供的冠心病数据举行了深度挖掘 ，接纳了logistic核机械回归模子、基因互作剖析、网络拓扑学剖析等 ，识别与冠心病有关的易感通路和功效�？� ，发明甘油脂代谢通路（hsa00561）、粘多糖生物合成通路（hsa00532）等六条生物学通路与冠心病显著关联 ，进一步富集剖析获得6个功效�？楦患搅字窩活性（GO:0004629）和细胞粘附分子(CAMs)的团结（GO:0050839）等GO条目 ，提醒多种差别疾病的分子机制可能有交织 ，批注冠心病致病分子机制涉及多个生物学通路和以功效�？樾问绞┱构πУ囊糯湟� 。该研究生长和完善了重大疾病易感通路和危害功效�？槭侗鸬钠饰隹蚣� ，为其他疾病研究提供了新思绪 。
5. 卵白巨细是一项主要的生化指标 。Axel Tiessen博士（墨西哥CINVESTAV Unidad Irapuato）等人研究发明差别的世系在卵白长度、外显子结构和结构域数目上有显著的差别 。植物特异性卵白比植物在其他真核种系中的守旧同源卵白要� �；植物基因仅含有动物基因一半的外显子 ，并且平均包括的结构域也比动物少 。后生动物卵白由~10个小外显子（~176 个核苷酸nt）编码 。链形植物平均只有~5.7其中等巨细外显子（~230nt） 。多细胞物种通过编码更多的外显子数目获得更大的卵白 ，而大大都单细胞生物接纳更大的外显子（>400 nt） 。与真核生物平均值相比 ，植物拥有更多可是却更小的卵白质 。这体现着举行光合作用的生物具有特异性 ，提醒我们应该特殊关注一下进化驱动力对植物的基因组和卵白质组的作用 ，这为进一步剖析植物卵白质组进化上的转变纪律涤讪了基础 。
6. 肠道菌群关于人类的康健和疾病爆发起主要作用 ，渗透物中的DNA是大大都人类肠道微生物研究的第一手泉源 。Nar Singh Chauhan博士（印度Maharshi Dayanand University）等人开发了一种快速、有用、无偏好性且经济划算的疏散高分子量（>23 kb）元基因组DNA的要领(每mg粪便55.8 ± 3.8 ng) 。这种要领能够很好地适用于新鲜或者冻存的渗透物；与其他测试的DNA提取要领相比 ，用这种要领提取渗透物元基因组DNA保存了物种品貌 ，并且没有微生物偏好性 ，平衡了质量、数目、用户友好性和经济划算等诸多因素；可适用于免作育法剖析人类肠道菌群 ，为人类肠道菌群研究提供了一个强有力的能战胜提取渗透物元基因组DNA诸多障碍的新途径 。不过 ，该要领用于其他物种时还需要凭证物种特点举行响应调解 。
