基因组所多功效转录因子CTCF国际合作研究获新希望
克日 ，由中科院北京基因组研究所重大疾病基因组与个体化医疗实验室偏向东研究员项目组助理研究员渠鸿竹博士等合作开展的多功效转录因子CTCF（CCCTC团结因子-binding factor, CTCF）在染色质DNA上的团结与DNA甲基化之间相互关系研究取得新希望 ，相关学术论文在最新一期的《Genome Research》杂志揭晓 ，该效果将有助于科研职员加深对CTCF转录因子调控机制的明确和熟悉。
由于CTCF在真核生物中的普遍表达 ，其团结模式一直被以为在多种细胞类型之间坚持稳固。但最新研究批注：在差别的细胞类型之间 ，CTCF在特定位点的团结模式与团结水平是转变的。体外实验已经证实CTCF团结水平的转变与DNA甲基化水平有关 ，只是现阶段仍缺少体内试验的相关证据。在差别细胞类型之间CTCF团结能力转变水平、以及该转变与DNA甲基化之间的关系至今尚未叙述清晰。
渠鸿竹博士和华盛顿大学美国国立卫生研究院西北注释表观基因组绘图中心(Northwest Reference Epigenome Mapping Center ，NIH)主任、华盛顿大学基因组学系副教授John A. Stamatoyannopoulis博士所向导实验室的事情职员通过近三年研究 ，接纳基于新一代高通量测序平台的染色质免疫沉淀测序手艺(ChIP-Seq) ，获得了12种人类正常细胞和7种肿瘤细胞在全基因组水平的CTCF团结模式图谱。通过系统的生物信息学较量剖析发明：64％的CTCF团结位点至少在一种细胞中不团结CTCF。尤为主要的是 ，这些特异的位点团结模式可以将正常细胞与肿瘤细胞区脱离来。通过进一步剖析13种细胞的甲基化DNA捕获测序数据 ，较量有转变的CTCF团结位点处CTCF团结水平与染色质DNA甲基化状态的转变纪律 ，效果发明：41％的CTCF团结转变位点具有差别的甲基化状态 ，并且甲基化转变集中在CTCF识别序列内部2个主要的核苷酸位置。并且 ，与甲基化状态相关的CTCF团结位点在正常细胞与肿瘤细胞之间团结模式显着差别的趋势和特点 ，在肿瘤细胞中CTCF团结水平的削弱往往会陪同有DNA甲基化水平的增强趋势。这样 ，在系统生物学的理论指导之下 ，使用统合的生物信息学剖析手段 ，就可以将主要转录因子与染色质DNA之间的相互作用和染色质DNA甲基化这两个差别条理的表观基因组学数据有机地整合在一起 ，从中获得立异性的研究效果 ，既富厚了真核基因表达调控的科学理论系统 ，又乐成地筛选获取了新的影响组织分解和肿瘤爆发的表观遗传靶点 ，具有主要的科学研究意义和潜在的临床转化应用价值。
CCCTC团结因子(CCCTC-binding factor, CTCF)是一种普遍保存于真核生物中的多功效转录因子 ，为进化上高度守旧的多锌指、DNA团结核卵白。CTCF通过其锌指结构的差别组合 ，可以选择性识别多种DNA序列 ，并形成差别的CTCF-DNA复合体 ，施展对多个基因的表达调控作用 ，具有启动子抑制和激活、基因默然、增强子阻断、基因印迹调控、X染色体失活等多种生物学功效。CTCF通过靶基因来调控细胞的心理运动 ，在细胞生长、增殖、分解、凋亡、遗传、表观遗传以及肿瘤爆发、生长等历程中起着主要的调理作用。
文章链接：http://genome.cshlp.org/content/22/9/1680
图：染色质DNA甲基化状态影响多功效转录因子CTCF的团结
