基因组所RNA m6A选择性甲基化机制研究获新希望
M6A（N6-methyladenosine，6-甲基腺嘌呤）是真核生物mRNA内部序列中最常见的一种甲基化修饰，同时受到甲基转移酶（METTL3，METTL14，WTAP等）/去甲基化酶（FTO，ALKBH5等）以及一些RNA团结卵白（YTHDF1/2/3, ELAVL1等）的配合调控，在细胞内是一个动态可逆的历程 。敲除或抑制m6A相关的酶组分会导致主要的表型转变，如拟南芥胚胎滞育、人细胞凋亡、酵母配子发育缺陷，批注m6A可能是细胞内一种很是主要的修饰 。
2012年，高通量测序与抗体免疫沉淀相团结要领（MeRIP-seq或m6A-seq）的提出，使得大规模检测m6A修饰成为可能 。近两年，通过在人、小鼠、酵母和拟南芥等系统内的研究，在甲基化动态调控机制的方面取得了较大的希望，并发明m6A可能会直接或间接影响mRNA的出核转运、翻译和降解等 。
克日，北京基因组所所级中心生物信息室宋述慧课题组，研究发明了RNA的选择性甲基化征象，并探索了其可能的爆发气制 。该研究效果于2014年10月在RNA Biology在线揭晓 。
科研职员接纳m6A-seq手艺举行了水稻愈伤与叶片两个差别组织全转录组m6A的深度测序，并使用自主开发的软件MeRIP-PF判断和绘制了水稻的首个m6A修饰谱，展现了水稻m6A修饰谱的基本特征，即平均每个mRNA中有2~3个m6A修饰位点，并主要漫衍在CDS、3’UTR区域和起始密码子区 。
别的，在对数据的深度剖析中，研究职员发明， m6A的甲基化保存组织或细胞的特异性和选择性 。研究职员将两个组织（细胞系）中都表达可是只在某一其中爆发甲基化的基因界说为选择性甲基化基因（Selectively Methylated Genes, SMGs） 。在测序的样品中，划分判断到626个愈伤组织和5509个叶片组织的SMGs，通过对SMGs修饰峰的序枚举行深入剖析，探索了选择性甲基化基因可能的爆发气制，即某些RBP（如PUM卵白）可能会作为甲基转移酶团结mRNA时的“竞争者”，与甲基转移酶竞争团结mRNA，从而爆发组织或细胞系的SMGs 。该项研究开启了植物表观转录组的研究，并提供了主要的数据资源 。
该项研究事情获得了国家自然科学基金委，北京市科技新星的资助，同时还获得了精准基因组医学重点实验室杨运桂研究组和所级中心核酸平台的手艺支持 。
水稻愈伤和叶片组织RNA甲基化的全基因组漫衍图
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